Zakład Biofizyki i Fizjologii Człowieka Wydziału Nauk o Zdrowiu Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego został utworzony na mocy Zarządzenia Rektora Nr 56 z dn. 06.10.2002 r.
Początki Zakładu sięgają 1958 roku, kiedy to na Wydziale Lekarskim ówczesnej Akademii Medycznej w Warszawie utworzony został Zakład Fizyki, którego Założycielem i jednocześnie pierwszym Kierownikiem był prof. dr hab. Władysław Kapuściński. Zakład Fizyki następnie został przekształcony w Zakład Biofizyki I Wydziału Lekarskiego, którego Kierownikami kolejno byli: prof. dr hab. Jan Gronczewski, dr hab. Stanisław Marciniak i prof. dr hab. Henryk Kowalski.
W 2002 roku Zakład Biofizyki I Wydziału Lekarskiego został przekształcony w Zakład Biofizyki i Fizjologii Człowieka, a następnie włączony w struktury organizacyjne nowo powstałego Wydziału Nauki o Zdrowiu. Kierownikiem Zakładu w 2003 roku został prof. dr hab. Jacek Przybylski.
W 2021 roku kierownikiem Zakładu Biofizyki i Fizjologii Człowieka został prof.dr hab.n.med. Dariusz Szukiewicz.
Na mocy Zarządzenia Rektora Nr 94 z dn. 15.04.2021 r. zmianie uległa nazwa Zakładu na Zakład Biofizyki, Fizjologii i Patofizjologii.